El Museu Arqueològic de Borriana va ser reconegut oficialment en 1967. En 2005 va ser convocada, per primera vegada en la història d'aquest museu arqueològic, la plaça funcionarial de director de museu i arqueòleg municipal, fet que va suposar l'inici d'una nova etapa en aquesta institució.

El museu centralitza l'activitat museística municipal relacionada amb el patrimoni històric, arqueològic i etnològic de la nostra ciutat, en col·laboració amb altres entitats que persegueixen finalitats semblants amb seu a Borriana, com el Museu de la Taronja, el Museu Parroquial i el Centre d'Arqueologia Subaquàtica de la Generalitat Valenciana.

Dins de l'organigrama del museu es troba el servei municipal d'arqueologia, l'àrea de restauració arqueològica i l'àrea de didàctica.

En els fons i sales del museu hi ha peces de tota la província de Castelló, fins i tot de la resta d'Espanya. Comprenen des de la prehistòria fins a l'actualitat i s'organitzen en dues sales: la d'arqueologia i la d'etnologia.

El primer museu arqueològic de Burriana va ser de caràcter privat i d'accés molt restringit. Es tractava de la col·lecció de Joaquín Peris Fuentes (alcalde de la ciutat i advocat borrianenc, nascut en 1854 i mort en 1939), el qual posseïa una gran quantitat de peces arqueològiques i documentals. No obstant això, lamentablement es van perdre quasi totes i són molt poques les que van arribar al museu actual.

Paral·lelament es va crear en 1926 a Burriana el segon museu, aquest de caràcter públic, fundat per  Francesc Roca i Alcaide (mestre d'escola, nascut en 1881 i mort en 1973), i conegut com el museu de les escoles graduades, de caràcter històric i arqueològic. No obstant això, no totes les seues peces van arribar a aquest museu.

Més tard, després d'una important pausa a causa de la Guerra Civil, es va reiniciar la labor de recol·lecció de peces per mitjà d'excavacions arqueològiques i donacions a càrrec del sacerdot salesià Tomás Utrilla, impulsor de la creació d'un nou museu arqueològic a Borriana; part de les restes que van recuperar es troben i formen part del museu actual.

Norberto Mesado (arqueòleg, nascut en 1938) va iniciar el seu treball com un afeccionat i ajudant de Tomás Utrilla. Gràcies al seu esforç, en 1967 va aconseguir el reconeixement municipal per a la creació d'aquest museu arqueològic, que va ser posat sota la seua tutela i que al principi va ocupar la planta superior de l'antic ajuntament, fins que en 1991 va passar al Centre Municipal de Cultura de la Mercé. La labor de Norberto Mesado va enriquir en gran manera els fons del museu, per mitjà d'excavacions, adquisicions o donacions.